Massimiliano

Gen 022021
 

Molden is a great well-known software of computational chemistry by Gijs Schaftenaar, largely used for analysing the output files of programs as varied as Gaussian, Dalton, Molcas, ADF, and several others. Thanks to Molden even undergraduate students can, for example, investigate the shapes of molecular orbitals or examine calculated vibrational or TD-DFT absorption spectra.

Although the binaries are currently available (see this in Macs in Chemistry), you may want to compile it yourself in a 64 bit version under macOS Mojave (10.14). Notably you won’t need Fink or MacPorts.

1) First, use the App Store to install the latest version (11.3 at the moment for Mojave) of Xcode – it’s free. This will provide you a lot of developing software, and in particular the gcc compiler.

2) Molden works by using X11 for the video output. Hence, you will need a version of the X.Org X Window System running under macOS. My advice is to download and install XQuartz from here. The current version 2.7.11 runs just fine under Mojave. Here is the direct link. Download the dmg file, double click it and run the XQuartz.pkg file.

3) Now you need a working Fortran compiler. My advice is GNU Fortran Compiler gfortran 8.2. It can be found in various versions at http://gcc.gnu.org/wiki/GFortranBinaries#MacOS. Direct links are also available at http://hpc.sourceforge.net, where you will find versions for Catalina and Big Sur as well. A direct download for gfortran 8.2 is available here. Again you will get a dmg file: just double-click it, then run the gfortran.pkg file and simply follow the instructions.

Verify that everything is ok before proceeding. Open your Terminal (/Applications/Utilities/Terminal.app) and type:

make -v

you should get something like this:

GNU Make 3.81

Copyright (C) 2006 Free Software Foundation, Inc.

This is free software; see the source for copying conditions.

There is NO warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A

PARTICULAR PURPOSE.

This program built for i386-apple-darwin11.0

Then type:

gfortran --version

Now you should get:

GNU Fortran (GCC) 8.2.0
Copyright (C) 2018 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions. There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

3) Now it’s time to download the Molden 6.6 source code. Open your Terminal (/Applications/Utilities/Terminal.app) and type:

cd Desktop
curl ftp://ftp.cmbi.umcn.nl/pub/molgraph/molden/molden6.6.tar.gz -o molden6.6.tar.gz

When the download is over, close the terminal and look at your desktop. Double-click the file molden6.6.tar.gz and you’ll get a new folder called molden6.6.

You’re ready to compile the software. Open again the Terminal and type

cd Desktop/molden6.6

to get in the right directory and

make all

to compile Molden 6.6. Just ignore the alerts, they won’t affect the final executable files.

4) Now you can remove the original files:

rm -r *.o *.c *.f *.log *.old *.g77 *.f.g77
rm -r */*.o */*.c */*.f */*.h */*.bak

The compiled executable files are in the bin folder. Try and run your compiled Molden 6.6 by typing

./bin/molden

or

./bin/gmolden

for the OpenGL version.

In order to be able to access Molden from your Application menu, just move the molden6.6 folder from your desktop to your Application folder.

5) That’s it. Now you can enjoy Molden on your macOS Mojave system!

 

Should you find any problem with the compilation, don’t hesitate to contact me directly by e-mail.

Set 292020
 

È stato costituito un Team denominato “Chimica Inorganica e Laboratorio CdL Chimica A.A. 2020-2021” per gli studenti del corso per questo A.A. 2020-2021. Il team sarà impiegato per le comunicazioni docente-studenti e per fornire il materiale didattico.

Tutti gli studenti in possesso di un account MS Teams dell’Università di Cagliari possono inserirsi in questo team con il codice “2yivac8” inviandomi contestualmente una mail di presentazione.

Fra questi rientrano:

  1. Studenti regolarmente iscritti al II anno in possesso dei prerequisiti, ovvero che abbiano sostenuto Chimica Generale e Laboratorio di Chimica Generale.
  2. Studenti iscritti al III anno o ad anni successivi che non abbiano mai seguito il corso.

Per l’iscrizione:

  • aprire Microsoft Teams
  • cliccare la voce (in alto a destra) “Unisciti a un team o creane uno”
  • selezionare “Partecipa a un team con un codice”
  • inserire il codice “2yivac8
  • inviarmi una mail con oggetto “Iscrizione Team CI&L” inserendo nel testo nome, cognome, matricola, anno di iscrizione (II, III, FC) e dichiarando di essere in possesso dei prerequisiti. Utilizzare la mail istituzionale utilizzata su MS Teams. Esempio: Buongiorno,

Massimiliano Arca

matr. 12345

II anno del CdL in Chimica

Ho superato gli esami di Chimica Generale ed il Laboratorio

Attenzione: eliminerò dal Team gli iscritti al Team che non abbiano confermato la propria iscrizione con una mail.

Set 292020
 

A causa del perdurare dell’emergenza sanitaria, nell’ambito delle disposizioni previste per la fase 3, il corso di Chimica Inorganica e Laboratorio subirà una serie di variazioni rispetto alle modalità adottate negli A.A. precedenti.

In particolare:

  • I criteri stabiliti dal corso di Laura e relativi ai prerequisiti del corso non sono stati modificati. Pertanto potranno accedere alla frequenza del corso (sia in presenza sia remota) solo gli studenti che alla data di inizio del semestre avranno superato con successo gli esami di Chimica Generale e Laboratorio di Chimica Generale.
  • Le lezioni avranno inizio per l’A.A. 2020/2021 a partire dal giorno 7 ottobre e si svolgeranno in Aula 17. Qualora l’aula non fosse stata opportunamente predisposta per questa data l’inizio del corso sarà rinviato.
  • L’orario prevede lo svolgimento pomeridiano di tutte le lezioni frontali e mattutino per tutte le lezioni di laboratorio.
  • Le lezioni frontali si svolgeranno in modalità mista, ovvero in presenza per un numero limitato di studenti e in modalità remota per gli altri.
  • I posti saranno assegnati in anticipo mediante l’app “A-Posto” (https://www.unica.it/unica/page/it/didattica_le_regole_per_la_ripresa?contentId=NTZ228619) e l’aula sarà riservata alla coorte del II anno del CdL in Chimica, ovvero agli studenti immatricolati nello scorso A.A. 2019/2020.
  • L’ingresso e l’uscita dall’aula dovranno svolgersi in maniera tale da garantire il massimo grado di distanziamento fra gli studenti e impedire assembramenti.
  • Almeno all’inizio del semestre gli studenti del III anno non potranno seguire le lezioni in presenza. Gli studenti del III anno che volessero seguire le lezioni potranno comunque utilizzare le modalità telematiche.
  • Durante le lezioni è fatto obbligo agli studenti di mantenere la propria postazione e indossare la mascherina chirurgica o FFP2 (KN95) senza valvola per tutta la durata delle lezioni. Non si potrà cambiare aula durante una sessione di lezioni.
  • Le lezioni utilizzeranno il software Adobe Connect, che permetterà di rivedere le lezioni registrate. È vietata la diffusione delle lezioni in qualunque forma.
  • Alle lezioni sarà affiancato del materiale didattico integrativo, distribuito tramite piattaforma telematica, consistente nelle slides utilizzate per le lezioni. È vietata la diffusione di questo materiale in qualunque forma.
  • Sarà fondamentale la puntualità. Gli studenti accederanno ordinatamente ai posti prenotati e il docente registrerà le presenze tramite appello nominativo, che sarà integrato con l’elenco degli studenti che seguiranno le lezioni in modalità remota.
  • Il corso prevede lo svolgimento della parte frontale nei mesi di ottobre e novembre e del laboratorio a partire da dicembre.
  • Le lezioni di Laboratorio si svolgeranno nel Laboratorio 6, che potrà essere impiegato fino ad un massimo del 50% della sua capacità. Per questa ragione potranno tenersi più turni per ogni esperienza ed il numero di esperienze potrebbe essere modificato.
  • Durante le lezioni di Laboratorio gli studenti dovranno indossare la mascherina per interagire con il docente, per l’ingresso e l’uscita, ed in generale ogni qual volta che dovranno spostarsi dalla postazione di lavoro.
  • In Laboratorio gli studenti dovranno disporre dei seguenti DPI personali: 1) occhiali di protezione per laboratorio; 2) mascherine usa e getta; 3) camice in cotone; 4) copricamice usa e getta. Gli studenti non potranno seguire le lezioni di Laboratorio in mancanza dei DPI prescritti. Si consiglia di provvedere per tempo alla raccolta dei DPI necessari.
  • Le modalità di fruizione delle lezioni di laboratorio potranno variare in funzione della situazione sanitaria. Nella migliore delle ipotesi il laboratorio potrà essere seguito in presenza sia dagli studenti del II anno sia da quelli del III anno che non abbiano frequentato precedentemente il corso.
  • Fino a disposizione contraria gli esami di profitto continueranno a svolgersi in modalità telematica con un’unica prova orale. Pertanto, non sono previste esercitazioni numeriche in aula. Lo svolgimento individuale degli esercizi proposti è comunque raccomandato per una migliore preparazione.
  • È stato costituito un Team denominato “Chimica Inorganica e Laboratorio CdL Chimica A.A. 2020-2021” su Microsoft Teams per le comunicazioni docente-studenti e per fornire il materiale didattico. Tutti gli studenti interessati in possesso di un account MS Teams dell’Università di Cagliari possono inserirsi in questo team con il codice “2yivac8”.
  • Il ricevimento studenti avverrà in modalità remota tramite Microsoft Teams sul Team summenzionato. Verrà fissato successivamente una data ed una finestra oraria in cui gli interessati potranno contattare il docente per un colloquio personale.

Quanto sopra descritto ha valore puramente indicativo e sarà soggetto a tutte le modifiche che si dovessero rendere opportune e necessarie in funzione dell’evoluzione della situazione sanitaria.

 

Ago 012020
 

Si comunica che tutti i questionari relativi al seminario “Analisi XRD e FT-Raman dei prodotti allo stato solido isolati dalle reazioni fra S/Se/N-donatori e dialogeni/interalogeni” tenutosi per via telematica il 27 luglio scorso sono stati corretti e risultano passati.

L’elenco dei questionari compilati è stato inoltrato al CdL in Chimica per il computo dei crediti formativi corrispondenti.

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