Tutorial: come realizzare un diagramma di orbitali molecolari

 

Questo tutorial permette di realizzare dei diagrammi degli orbitali molecolari per semplici molecole. Verrà esaminato il caso di molecole biatomiche omonucleari. Lo stesso approccio può applicarsi a molecole più complesse.

Per prima cosa svolgere il calcolo sui singoli atomi X della molecola biatomica X2. Nell’esempio illustrato di seguito verrà trattato l’esempio della molecola di azoto.

Al termine del calcolo cercare gli autovalori degli orbitali atomici. Se si usa Gaussian, cercare nel testo “SCF Done”: immediatamente dopo sono riportati i dati necessari. Ricopiarli in un foglio di calcolo, ad esempio Calc di  Openoffice. Fare attenzione all’uso della virgola o del punto decimale.

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Ricopiare la colonna degli autovalori in maniera da avere due colonne identiche affiancate.

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Svolgere il calcolo sulla molecola X2, ottimizzandone la geometria. Cercare gli autovalori e le rappresentazioni di simmetria degli orbitali molecolari alla geometria ottimizzata.  In un file di output di Gaussian queste informazioni sono elencate dopo “Optimization Complete”. Riportare nel foglio di calcolo gli autovalori.

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Riportare gli autovalori degli MO sulla colonna a destra. Completare riportando nuovamente gli autovalori degli AO.

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Evidenziare tutti i dati numerici ed utilizzarli per creare un grafico a linee (non come serie impilate).

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In “Area dati” verificare che i dati delle serie siano riconosciuti come righe e non come colonne.

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Controllare che il grafico abbia l’asse delle ordinate. L’asse delle ascisse e le griglie possono essere eliminate.

In ogni serie di dati eliminare la linea e lasciare un piccolo simbolo ad identificare la posizione dei dati.

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Copiare il grafico in un programma di presentazione (Impress di Openoffice o  Microsoft Powerpoint).

Usando come base il grafico precedente tracciare le linee che indicano i livelli degli orbitali, l’asse delle ordinate e congiungere gli orbitali atomici con gli orbitali molecolari con linee di diverso colore o diversamente tratteggiate. Aggiungere infine le etichette di simmetria.

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