Nuovo articolo su New J. Chem.

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Lug 122018
 

Nell’ambito della ricerca sperimentale e teorica sullo sviluppo di nuovi materiali per il consolidamento ed restauro di matrici lapidee carboniche, come il marmo, segnalo la pubblicazione di un nostro nuovo articolo sul New Journal of Chemistry.

 

A. Pintus, M. C. Aragoni, G. Carcangiu, L. Giacopetti, F. Isaia, V. Lippolis, L. Maiore, P. Meloni, M. Arca, “Density Functional Theory modelling of protection agents for carbonate stones: case study of oxalate and oxamate inorganic salts”, New J. Chem., 42, 11593–11600 (2018). DOI:10.1039/C8NJ01714J

 

Questo lavoro, condotto dal nostro gruppo di ricerca in collaborazione con il Dipartimento di Ingegneria Meccanica, Chimica e dei Materiali (P. Meloni), con il CNR (G. Carcangiu) e con il Dipartimento di Chiica e Farmacia dell’Università di Sassari (L. Maiore), illustra un esempio di applicazione della chimica computazionale all’ambito dei Beni Culturali, investigando mediante calcoli DFT l’effetto delle variazioni strutturali dei derivati dell’acido ossalico ed ossamico sulla capacità degli anioni risultanti di interagire con la superficie della calcite.

L’abstract dell’articolo è liberamente consultabile a questo indirizzo:

http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2018/nj/c8nj01714j#!divAbstract

Conferenza Dr. Rob Davies su MOFs

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Giu 122018
 

Domani, mercoledì 13 Giugno, alle 10:30 nella Sala Riunioni al Piano Terra del Dipartimento di Scienze Chimiche e Geologiche,  il Dr. Robert Davies, Senior Lecturer dell’ Imperial College di Londra terrà la conferenza dal titolo

Metal Organic Frameworks: Hybrid connectors and nano-engineering towards functional materials

Tutti gli studenti, i dottorandi ed i colleghi sono invitati a partecipare

Al via la Start Cup Sardegna 2018: iscrizioni entro il 16/07

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Giu 042018
 
E’ partita la XI edizione del Premio Start Cup Sardegna, la competizione annuale tra Business plan inserita all’interno del Premio Nazionale per l’Innovazione organizzata per la Sardegna dagli Uffici per il Trasferimento Tecnologico delle Università di Sassari e di Cagliari. La competizione è aperta a gruppi di almeno due persone. Possono partecipare anche le società già costituite successivamente al 1 gennaio 2018 o non ancora attive o con dichiarazione inizio di attività successiva al 1 gennaio 2018. A tutti i partecipanti verrà fornita assistenza per la redazione del business plan e alle idee imprenditoriali vincitrici verranno offerti premi in denaro, servizi di accompagnamento [...]

Il 22/06 la quarta edizione di UniCa & Imprese

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Mag 212018
 
Dalle 15:30 di venerdì 22 Giugno 2018 si terrà la quarta edizione di “UniCA&Imprese“, l’evento dedicato all’incontro tra i ricercatori di UniCa e le imprese, che quest’anno è organizzato in partnership con Confindustria Sardegna e Confindustria Sardegna Meridionale. Come lo scorso anno, l’evento sarà ospitato presso il CREA – Centro servizi di Ateneo per l’innovazione e l’imprenditorialità, in via Ospedale 121 a Cagliari. L’evento permetterà di scoprire in un contesto rilassato e informale le linee di ricerca di maggiore interesse per le imprese e di conoscere brillanti esempi di progetti di collaborazione già avviati, ai quali si potrà aderire in [...]

Compiling Molden 5.7 on MacOS High Sierra: how to

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Feb 132018
 

Molden is a great well-known software of computational chemistry by Gijs Schaftenaar, largely used for analysing the output files of programs as varied as Gaussian, Dalton, Molcas, ADF, and several others. Thanks to Molden even undergraduate students can, for example, investigate the shapes of molecular orbitals or examine calculated vibrational or TD-DFT absorption spectra.

Although the binaries are currently available (see this in Macs in Chemistry), you may want to compile it yourself in a 64 bit version under macOS High Sierra (10.13). Notably you won’t need Fink or MacPorts.

1) First, use the App Store to install the latest version (9.2 at the moment) of Xcode – it’s free. This will provide you a lot of developing software, and in particular the gcc compiler.

2) Molden works by using X11 for the video output. Hence, you will need a version of the X.Org X Window System running under macOS. My advice is to download and install XQuartz from here. The current version 2.7.11 runs just fine under High Sierra. Here is the direct link. Download the dmg file, double click it and run the XQuartz.pkg file.

3) Now you need a working Fortran compiler. My advice is tGNU Fortran Compiler gfortran 6.3. It can be found in various versions at http://gcc.gnu.org/wiki/GFortranBinaries#MacOS. Again you will get a dmg file: just double-click it, then run the gfortran.pkg file and simply follow the instructions.

Verify that everything is ok before proceeding. Open your Terminal (/Applications/Utilities/Terminal.app) and type:

make -v

you should get something like this:

GNU Make 3.81

Copyright (C) 2006 Free Software Foundation, Inc.

This is free software; see the source for copying conditions.

There is NO warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A

PARTICULAR PURPOSE.

This program built for i386-apple-darwin11.0

Then type:

gfortran --version

Now you should get:

GNU Fortran (GCC) 6.3.0
Copyright (C) 2016 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions. There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

3) Finally, you can download the Molden 5.7 source code. Open your Terminal (/Applications/Utilities/Terminal.app) and type:

cd Desktop
curl ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/molgraph/molden/molden5.7.tar.gz -o molden5.7.tar.gz

When the download is over, close the terminal and look at your desktop. Double-click the file molden5.0.tar.gz and you’ll get a new folder called molden5.7. Now you’re ready to compile the software. Open again the Terminal and type

cd Desktop/molden5.7

 to get in the right directory and

make all

to compile Molden 5.7. Just ignore the alerts, they won’t affect the final executable files.

4) Now you can remove the original files:

rm -r *.o *.c *.f *.log *.old *.g77 *.f.g77
rm -r */*.o */*.c */*.f */*.h */*.bak

Try and run your compiled Molden 5.7 by typing

./molden

or

./gmolden

for the OpenGL version.

In order to be able to access Molden from your Application menu, just move the molden5.7 folder from your desktop to your Application folder.

5) That’s it. Now you can enjoy Molden on your 64 bit macOS High Sierra system!

 

Should you find any problem with the compilation, don’t hesitate to contact me directly by e-mail.

UniCa STARTS: un nuovo sistema informativo per il trasferimento tecnologico

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Dic 212017
 
422.000 euro per realizzare un nuovo sistema informativo a supporto del trasferimento tecnologico dell’Università di Cagliari: è il budget assegnato al progetto “UniCa STARTS – Sistema per il trasferimento tecnologico tra attori della ricerca e territorio sardo”. Il progetto è stato sviluppato dai funzionari della Direzione per la ricerca e il territorio a fine ottobre in risposta al bando “Promozione di nuovi mercati per l’innovazione nella PA”, emanato da Sardegna Ricerche per incentivare l’adozione nella pubblica amministrazione di procedimenti innovativi di appalto. Di pochi giorni fa la pubblicazione degli esiti dell’istruttoria; entro tre mesi l’avvio dei lavori con la pubblicazione [...]

La torre di Scal’e Sali (OR)

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Feb 162015
 
Come ben descritto in SardegnaCoste, la torre di Scal’e Sali era un bene architettonico di grande valore che, a causa di una storica incuria, si trovava in condizioni di grave pericolo di crollo. Ad essere in pericolo tuttavia non era solo la torre ma tutta la falesia su cui la torre poggiava, perciò un serio intervento per la messa in sicurezza della torre non sarebbe potuto avvenire senza tener conto dello stato della scogliera. In questa ottica ci fu chiesto di eseguire un rilevamento di elevata precisione per ottenere un modello geometrico sia della torre che della costa nel rispetto delle condizioni di sicurezza, data [...]

3D: Applicazioni ingegneristiche

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Feb 122015
 
Nel gruppo di Geomatica ci occupiamo della rappresentazione tridimensionale di oggetti reali, ottenuta a partire dal rilevamento diretto dell’oggetto. Gli oggetti possono essere beni culturali, edifici, porzioni di territorio etc. Le finalità per le quali si realizza un modello di un oggetto sono varie, ad esempio la determinazione delle caratteristiche geometriche (dimensioni, area volume), la verifica della rispondenza a requisiti di progetto o ancora il monitoraggio del comportamento dell’oggetto nel tempo. La Geomatica in questo ambito si occupa della scelta delle grandezze da misurare e delle strumentazioni da impiegare, della realizzazione delle misure e della loro elaborazione al fine di ottenere [...]

Studio delle deformazioni del Sardinia Radio Telescope (SRT)

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Feb 032015
 
Il Sardinia Radio Telescope, oltre che un potente strumento per la radioastronomia, è una imponente struttura le cui deformazioni, variabili in funzione delle condizioni ambientali e della posizione di puntamento, non sono trascurabili se si vuole ottimizzare l’efficienza osservativa.   Le deformazioni della struttura possono essere stimate per via diretta, attraverso la misura della posizione di punti sulla superficie, e/o per via indiretta, attraverso la realizzazione di un modello ad elementi finiti (FEM) ed una rete di sensori che danno informazioni sullo stato della struttura. Il gruppo di ricerca in Geomatica sta studiando, in collaborazione con il gruppo di metrologia dell’INAF-OAC, la possibilità di [...]

Computational metabolomics

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Apr 062014
 

The metabolome can be represented as a complex system characterized by a high variability of components with properties related to their aggregation and self-organizing capabilities. The elements of metabolism are molecules of various kinds and structural properties, and such variability is observed at different metabolic scales going from metabolites to metabolic profiles via chemical reactions and metabolic pathways, as well as under static or dynamic aspects.  The data analysis and interpretation approaches can give insights into exciting applications of the “metabolome” studies in human health, the so-called “Metabolomics”, but the “Data Analysis” sentence should be interoperated as the global ensemble  of techniques devoted to the mining of information from experimental measurements. Goals for Data Analysis applied to Metabolomics can be represented in three different classes:

  • Exploration
  • Classification
  • Prediction
Exploration of data can give answers to the questions about the structures in my data, in order to define the analytical sources of  similarity and dissimiliraty properties between samples and sample aggregates, using supplemental information as meta data and covariates to correct trends of no interest in our data in order to reduce the “noise” and increase the “signal”, the information. Classification can quantify the  dissimilarities/similarities between groups in order to highlight the significant changes in metabolic samples properties. Finally, Prediction can answer to the question: “What is related or predictive of my variables of interest?”
All these steps in metabolomics data analysis have received contribution from several disciplines and now we must discuss about the Computational Metabolomics as the complete technique for the physical and mathematical modeling of biomedical properties of living systems.
In order to understand the real importance of Computational Metabolomics and to understand the need to a global training of involved researchers I would like to mention in this article:
Computational Metabolomics book form Prof. Nabil Semmar and the web site of MetaboAnalyst2.0
The book presents a variety of different computational approaches to describe the variability in metabolic systems, and the Web Site of MetaboAnalyst2.0  is a comprehensive tool suite for the metabolomics data analysis. . MetaboAnalyst is supported by THE METABOLOMICS INNOVATION CENTRE (TMIC), a Genome Canada-funded core facility realized by the efforts of several Metabolomics researchers, like  Jianguo Xia (our Jeff), David Wishart and Mandal, Sinelnikov, Broadhurst, Psychogios, Young et al. in the next articles I will explain to you some important aspects of the theoretical approaches in Computational Metabolomics using the book of Prof. Semmar (and other references) and some practices with the tools of  MetaboAnalyst.
Luigi Barberini
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